معرفی نرم افزار NAMD
- توضیحات
- دسته: نرم افزاهای محاسبات دینامیک مولکولی
- بازدید: 9954
NAnoscale Molecular Dynamics نرم افزاری برای پردازش موازی محاسبات دینامیک مولکولی است. NAMD برای شبیه سازی دینامیک مولکولی با کارایی بالا و مولکولهای زیستی بزرگ طراحی شده است. NAMD با نرم افزار گرافیکی VMD سازگاری کامل دارد و از VMDمیتوان برای تنظیم شبیه سازی و آنالیز خط سیر استفاده کرد.
ویژگیهای کلیدی:
- سازگاری با فایل های AMBER، CHARMM و X-PLOR
- قابلیت تعریف آب یونها به صورت صریح و تعریف حلال ها با استفاده از مدلهای ضمنی
- محاسبه انرژی آزاد شیمیایی (alchemical free energy)
- پشتیبانی از زبانهای اسکریپت نویسی برای سفارشی سازی شبیه سازی