خدمات محاسباتی شیمی، فیزیک و بیوشیمی
پژوهشگر گرامی شما می‌توانید محاسبات شیمی، فیزیک و بیوشیمی خود را به نیکوپردازش بسپارید.
همکاری ما با شما به سه روش امکان‌پذیر است.
- ران کردن محاسبات شما روی سرور محاسباتی نیکوپردازش
- انجام پروژه محاسباتی یا انجام قسمت محاسباتی تحقیقات شما
- تهیه فورس‌فیلد (force field) برای انجام محاسبات دینامیک مولکولی کلاسیک و مونت‌کارلو
لطفا قبل از ارسال درخواست به موارد زیر توجه فرمایید
مسئولیت نگارش پایان‌نامه و مقاله اخلاقاً و قانوناً به عهده خود شماست و نیکوپردازش برای شما مقاله یا پایان‌نامه نمی‌نویسد.
نیکوپردازش هیچگونه ادعایی درباره محاسبات شما ندارد بجز در مواردی که در قرارداد ابتدایی، شما متعهد شده به آوردن اسم در مقاله شده باشید (در موضوعات خاص با گرفتن تخفیف). و یا اینکه از پرداخت هزینه توافق شده خودداری کنید.
ران کردن محاسبات شیمی، فیزیک و بیوشیمی روی سرور محاسباتی
در این روش شما فایل‌های ورودی خود را به صورت آماده برای ما ارسال می‌کنید و تنها هزینه انجام محاسبات روی سرور را پرداخت خواهید کرد. این روش برای پژوهش‌گرانی که با نرم‌افزارها و روش‌های محاسباتی آشنا هستند ولی سیستم محاسباتی قوی برای پردازش محاسبات خود ندارند مناسب است.
نرم‌افزارها
گرومکس (GROMACS)، گوسین (Gaussian)، وسپ (VASP)، لمپس (LAMMPS)، متریالیز استودیو (Materials Studio)، کوانتوم اسپرسو (Quantum ESPRESSO)، گمس (GAMESS US)، نمدی (NAMD)، شرودینگر (SCHRODINGER SUITES)
فایل‌های مورد نیاز برای اجرای محاسبات
فایل‌های مورد نیاز برای اجرای محاسبه با توجه به نوع نرم‌افزار متفاوت است.
هزینه محاسبات
هزینه اجرای محاسبات با توجه به مدت زمان اجرای پروسه روی سرور محاسبه می‌شود و بعد از دریافت فایل‌های ورودی به شما اعلام خواهد شد. با توجه به پیچیدگی و پارامترهای فراوانی که در زمان اجرای محاسبات شیمی، فیزیک و بیوشیمی تاثیر‌گذار است امکان هیچ براورد هزینه تقریبی قبل از دریافت فایل‌ها وجود ندارد.
ارسال درخواست
لطفاْ فایل‌ها و اطلاعات لازم را فقط به آدرس این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید ارسال و برای مشاوره با شماره ۰۹۱۲۴۶۸۳۳۸۹ (دکتر حجی آبادی) تماس بگیرید و یا در واتس‌اپ پیام بفرستید.
انجام پروژه محاسباتی شیمی، فیزیک و بیوشیمی در نیکوپردازش
در این روش کل پروژه محاسباتی توسط نیکوپردازش انچام می‌شود و نتایج کار به صورت جدول، شکل، نمودار و ... به همراه تمامی فایل‌های خروجی نرم‌افزار به شما تحویل داده خواهد شد.
نرم‌افزارها
گرومکس (GROMACS)، گوسین (Gaussian)، وسپ (VASP)، لمپس (LAMMPS)، متریالیز استودیو (Materials Studio)، کوانتوم اسپرسو (Quantum ESPRESSO)، گمس (GAMESS US)، نمدی (NAMD)، شرودینگر (SCHRODINGER SUITES)
اطلاعات و فایل‌های مورد نیاز برای بررسی کار
برای بررسی پروژه محاسباتی لازم است یک مقاله یا پایان‌نامه مشابه کار تحقیقاتی به همراه شکل ساختارهای پروژه خود ارسال بفرمایید.
شکل ساختارها می‌تواند به صورت انواع فایل‌های سه‌بعدی یا دو بعدی ساختار مولکولی و یا حتی تصویر طراحی ساختارها روی کاغذ باشد.
اگر مورد مطالعه شما شامل واکنش‌های شیمیایی است نوع واکنش‌های شیمیایی را مشخص بفرمایید.
نتایج مورد نظر را از روی مقاله یا پایان‌نامه با ذکر شماره شکل، جدول، نمودار و ... مشخص بفرمایید.
هزینه انجام پروژه
در این روش هزینه کل شامل هزینه اجرای محاسبات روی سرور به‌علاوه هزینه تهیه فایل‌های ورودی و استخراج اطلاعات خروجی است. با توجه به تنوع و پیچیدگی محاسبات شیمی، فیزیک و بیوشیمی هیچ برآورد هزینه تقریبی قبل از بررسی کامل کار قابل ارئه نیست و هزینه کار پس از بررسی اطلاعات ارسالی به شما اعلام خواهد شد. مدت زمان بررسی با توجه به حجم اطلاعات ارسالی شما و تعداد درخواست‌های در نوبت، ممکن است تا چند هفته طول بکشد. لطفا صبور باشید.
ارسال درخواست
لطفاْ فایل‌ها و اطلاعات لازم را فقط به آدرس این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید ارسال و برای مشاوره با شماره ۰۹۱۲۴۶۸۳۳۸۹ (دکتر حجی آبادی) تماس بگیرید و یا در واتس‌اپ پیام بفرستید.
تهیه فورس‌فیلد (force field) برای انجام محاسبات دینامیک مولکولی و مونت‌کارلو
مشکل‌ترین قسمت انجام محاسبات دینامیک مولکولی کلاسیک و مونت‌کارلو تهیه فورس‌فیلد مناسب برای ساختارهای مورد مطالعه است، بخصوص زمانی که مورد مطالعه شما شامل قطعات مولکولی غیر پروتئینی مانند لیگاند، کمپلکس‌های معدنی، زنجیره‌های پلیمری و ... باشد. شما می‌توانید این قسمت از پروژه تحقیقاتی خود را به نیکوپردازش بسپارید. در حال حاضر این سرویس برای فورسفیلدهای GAFF (سازگار با فورسفیلدهای AMBER) و CHARMM انجام می‌شود. فورسفیلدهای ساخته شده برای نرم‌افزار مورد نظر شما ساخته و تست خواهد شد.
اطلاعات و فایل‌های مورد نظر
فایل ساختار لیگاند یا مولکول فاقد فورس‌فیلد مورد نظر به همراه فایل یا کد پروتئین مورد نظر که در شبیه‌سازی همراه ساختار مورد نظر قرار خواهد گرفت. علاوه بر این نوع فورس‌فیلد مورد نظر باید مشخص شود. در صورتی که ایده‌ای برای انتخاب فورس‌فیلد ندارید، یک مقاله مشابه کار تحقیقاتی خود ارسال کنید.
هزینه ساخت فورس‌فیلد (Force Field)
هزینه ساخت فورس‌فیلد با توجه به تعداد، نوع ساختارها و فورس‌فیلد مورد نظر برآورد خواهد شد. به عنوان مثال هزینه ساخت فورس‌فیلد برای مولکول‌های دارای اتم‌های فلزات سنگین نسبت به مولکول‌های ساده آلی بیشتر است.
ارسال درخواست
لطفاْ فایل‌ها و اطلاعات لازم را فقط به آدرس این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید ارسال و برای مشاوره با شماره ۰۹۱۲۴۶۸۳۳۸۹ (دکتر حجی آبادی) تماس بگیرید و یا در واتس‌اپ پیام بفرستید.
