کارگاه مجازی آموزش نرم افزار NAMD

نرم‌افزار NAMD یک برنامه دینامیک‌مولکولی موازی است که به منظور شبیه‌سازی با کارایی بالا در سیستمهای بیومولکولی بزرگ طراحی شده است. این نرم‌افزار دینامیک مولکولی، برای تنظیم شبیه سازی و آنالیز ترژکتوری ها از برنامه گرافیک مولکولی معروف VMD که به طور کامل با NAMD سازگار است، استفاده می کند.
شبیه‌سازی دینامیک مولکولی، ترژکتوری‌های اتمی را با حل معادلات حرکت عددی بوسیله فورس‌فیلدهای تجربی مانند CHARM که تقریبی از نیروهای واقعی در سیستمهای بیوپلیمر است، محاسبه می کند. نرم افزار NAMD علاوه بر فورس‌فیلد CHARM با فورس فیلدهای AMBER و X-PLOR نیز سازگار است.
این کارگاه شامل معرفی و آموزش قابلیت های NAMD و VMD، نحوه استفاده از این قابلیت ها، معرفی فایل های ورودی و فرمت های لازم، آشنایی کامل و پایه ای با این فرمت ها و نحوه اجرای برنامه در دستگاههای موازی است. علاوه بر آن مفاهیم پایه‌ای دینامیک مولکولی نیز به صورت مختصر و مفید آموزش داده می‌شود.

سرفصل مطالب:

    • مقدماتی درباره دینامیک مولکولی کلاسیک 

      • آشنایی با مفاهیم بنیادی دینامیک مولکولی مانند: مفهوم انرژی پتانسیل Forcefield در دینامیک مولکولی، توابع حرکت
      • آشنایی با مفاهیم پایه ای آنسامبل، فضای فاز و ترژکتوری، انواع حرکت ها، برهمکنش هایNon-bonded ، cut-off، switching functions، Timestep و ...
      • آشنایی با مفهموم حلالیت و Periodic boundary conditions
      • آشنایی با پروتکل کلی شبیه سازی دینامیک مولکولی (MDS)
    • ارائه یک نمای کلی از NAMD

      • آشنایی با فهرستی از اصول اولیه برای شروع کار
      • توصیف فایل فرمت های NAMD مانند: NAMD ,CHARM ,PSF ,PDB و...
      • آشنایی با فایل NAMD configuration
    • آشنایی با نرم افزار VMD

      • نصب و معرفی نرم افزار VMD
      • آشنایی با مبانی اسکریپت TCl
      • تجزیه و تحلیل داده ها در VMD
    • پیش پردازش شبیه سازی یک ساختار تجربی قسمت اول

      • انتخاب یک سیستم اولیه از بانک اطلاعات پروتئین
      • بررسی و اصلاح انواع فقدان ها ومشکلات احتمالی در ساختار کریستالوگرافی هدف مانند انواع missing ها، پیوندهای دی سولفید، altloc و...
      • آشنایی با انواع روشهای هیدروژن دار کردن پروتئین و protonation state
      • فرایند اضافه کردن هیدروژن به سیستم با استفاده از Reduce
      • آشنایی با Psfgen و چگونگی تولید فایل PSF
    • پیش‌پردازش شبیه‌سازی یک نمونه ساختار تجربی قسمت دوم

      • آشنایی با فایل های توپولوژی و پارامتر فورس فیلد CHARM
      • آشنایی با انواع مدل های آب در فورس فیلد CHARM
      • آشنایی با انواع فاز برای شبیه سازی
      • مراحل اضافه کردن آب در BOX شبیه سازی
      • Neutralize کردن سیستم یا اضافه کردن قدرت یونی
    • مینیمم‌سازی انرژی و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

      • آماده سازی فایل ورودی برای minimization و شبیه سازی
      • اجرای minimization روی ساختار تولید شده نهایی و هدف از انجام آن
      • اجرای مرحله production
      • تفسیر فایل های خروجی NAMD وDCD
    • تفسیر و آنالیز فایل های خروجی

      • ایجاد یک ترژکتوری واحد با استفاده از تمامی شبیه سازی های موازی NAMD
      • آشنایی با دستور aligned
      • آنالیز نتایج شبیه سازی و بدست آوردن شاخص های RMSD، RMSF، SaSa و ...
      • رسم نمودارهای PCA، FEL و ...

زمان‌بندی کارگاه:

تاریخ برگزاری:  ۳۰ آبان تا ۱۴ آذر ۱۳۹۷

تعداد جلسات: ۷ جلسه

مهلت ثبت نام:  ۲۹ آبان ١٣٩۷

ساعت رفع اشکال: ۸:۰۰ تا ۹:۰۰ شب

نحوه برگزای کلاس:

مطالب ارائه شده در کلاس‌‌‌های مجازی همان مطالبی است که در کلاس‌‌های حضوری ارائه می‌شود با این تفاوت که دانشجو به جای حضور در کلاس وارد سایت نیکوپردازش شده و مطالب آموزشی را با استفاده از یک دستگاه متصل به اینترنت ( کامپیوتر، تبلت و یا حتی تلفن هوشمند) دریافت می‌کند. کارگاه‌های آموزشی نیکوپردازش از دو بخش محتوی آموزشی و رفع اشکال تشکیل شده است. محتوی آموزشی هر جلسه شامل فیلم، اسلاید، فایل صوتی، متن و ... است که  به صورت آنلاین در دسترس دانشجویان قرار می‌گیرد و محدود به ساعت خاصی از شبانه‌روز نیست. این مطالب از زمان بارگزاری تا یک هفته پس از پایان دوره قابل دسترسی‌اند و محدودیتی برای دفعات مشاهده وجود ندارد. در هر جلسه همراه با فیلم‌های آموزشی فعالیت‌‌‌هایی مانند کوئیز و تمرینات عملی برای دانشجویان در نظر گرفته شده است، همچنین دانشجویان امکان طرح سوال از استاد و یا بحث و تبادل نظر با سایر دانشجویان را دارند.

بخش رفع اشکال در ساعتی مشخص (اوایل شب) برگزار خواهد شد که در این ساعت دانشجویان با استاد کارگاه در تماس بوده و سوالات و مشکلات خود را مطرح می‌کنند. هر جلسه از کارگاه در حدود یک ساعت و نیم محتوی آموزشی و یک ساعت رفع اشکال دارد.

هزینه شرکت در کارگاه:

۲۱۰ هزار تومان برای دانشجویان - ۲۸۰ هزار تومان سایر اشخاص

تخفیف برای ثبت‌نام همزمان: در صورت ثبت‌نام همزمان در  چند کارگاه در یک فصل (تعداد دوره منهی یک × ۱۰)٪ تخقیف  تا سقف ۳۰٪  از کل هزینه کسر خواهد شد.

تخفیف برای ثبت‌نام گروهی: در صورت معرفی دوستان و ثبت‌نام گروهی در یک کارگاه (تعداد نفرات × ۵) ٪ تخقیف تا سقف ۳۰٪ به هر یک از افراد تعلق خواهد گرفت.

مراحل ثبت نام:

یک: عضو سایت شوید (کمتر از یک دقیقه).

دو: هزینه کارگاه را به شماره حساب سیبا ۰۳۰۷۷۵۰۵۳۸۰۰۱ و یا شماره کارت: ۵۲۰۶-۸۲۹۹-۹۹۱۸-۶۰۳۷ به نام حسین حجی آبادی واریز کنید.

سه: عکس رسید بانکی را با استفاده از تلگرام به شماره ۰۹۱۲۴۶۸۳۳۸۹ و یا به آدرس این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید ارسال کنید.

ملاحظات:

    • ظرفیت دوره محدود است و اولویت با کسانی است که زودتر ثبت‌نام کنند.

    • برای استفاده از تخفیف دانشجویی، تصویر کارت دانشجویی خود را به همراه رسید بانکی ارسال نمایند.

    • آشنایی با سیستم‌عامل لینوکس و به خصوص محیط متنی آن برای شرکت در این دوره ضروری است. در صورتی که با این سیستم‌عامل آشنایی ندارید، توصیه می‌شود در دوره لینوکس و یونیکس نیز ثبت نام کنید.

    • نصب گرومکس در سیستم‌عامل لینوکس در این دوره آموزش داده خواهد شد و شرکت کنندگاه قبل از شروع دوره باید لینوکس centos 7 را روی رایانه خود نصب کنند.

    • برای اطلاعات بیشتر درباره کارگاه‌های مجازی این صفحه را ملاحضه فرمائید.

کارگاه مجازی آشنایی با لینوکس و یونیکس برای اجرای محاسبات علمی

در دنیای محاسبات علمی خانواده سیستم‌عامل‌های یونیکس و شبه یونیکس (لینوکس) حکمفرمایی می‌کنند. بسیاری از نرم‌افزارهای علمی تنها برای محیط یونیکس/لینوکس کامپایل، بهینه و آزمایش می‌شوند. علاوه‌براین امکاناتی که این محیط برای کنترل پروسه‌های محاسباتی و آنالیز فایل‌های ورودی و خروجی در اختیار کاربرانش قرار می‌دهد در محیط ویندوز وجود ندارد. از طرفی برای بسیاری از ما کاربری کامپیوتر به‌معنی استفاده از سیستم‌عامل ویندوز است و وارد شدن به محیط یونیکس/لینوکس مانند پانهادن به سرزمین ناشناخته‌ها است که نیاز به درک مفاهیمی جدید و تفاوت‌های بین محیط یونیکس و وینوز دارد.
این دوره برای دانشجویان و اساتیدی که علاقه‌مند به یادگیری نرم‌افزارهای محاسباتی علمی و مهندسی هستند بسیار مفید است و توصیه می‌شود قبل از یادگیری نرم‌افزارهایی که در محیط محیط یونیکس/لینوکس اجرا می‌شوند در این دوره شرکت کنند.  

سرفصل مطالب:

  • مقدمه و نصب سیستم عامل

    • تاریخچه یونیکس و لینوکس
    • اجزاء سیستم عامل لینوکس و یونیکس
    • تفاوت‌های ویندوز با لینوکس و یونیکس
    • آشنایی با سیستم فایل لینوکس و یونیکس
    • نصب سیستم عامل لینوکس
  • آشنایی با محیط متنی (Shell) لینوکس و یونیکس

    • آناتومی دستورات در لینوکس و یونیکس و اجرای چند دستور ساده
    • انواع آدرس‌دهی در محیط لینوکس و یونیکس
    • حرکت کردن در سیستم‌فایل لینوکس/یونیکس و مدیریت فایل‌های ورودی و خروجی
  • ویرایش فایل ورودی و خروجی

    • معرفی ‌فایل‌های متنی ساده
    • مشاهده محتویات فایل‌های ورودی و خروجی در محیط متنی لینوکس
    • معرفی انواع ویرایش‌گرهای متنی
    • ساخت فایل‌های ورودی با استفاده از ویرایشگر vim
  • دستورات پیشرفته لینوکس/یونیکس

    • آشنایی با متاکارکتر‌ها، پایپ‌کردن و ری‌دایرکت کردن دستورات
    • اجرای نرم‌افزارهای محاسباتی در محیط لینوکس/یونیکس
    • دستورات پیشرفته برای مدیریت و ویرایش فایل‌های ورودی و خروجی
  • آشنایی با مفاهیم کاربر، گروه و مجوز‌ فایل

    • مفهوم کاربر و گروه
    • ایجاد و ویرایش کاربر و گروه
    • مجوز فایل‌ها و نحوه تغییر دادن مجوز‌ها
  • مدیریت پروسه‌های محاسباتی در ‌لینوکس و یونیکس

    • تعریف پروسه‌
    • انواع فایل‌های اجرایی
    • مانیتور کردن محاسبات
    • توقف و قطع کامل محاسابات
    • انجام محاسبات در پیش‌زمینه و پس‌زمینه Shell
    • بچ کردن محاسبات در لینوکس و یونیکس
  • نصب نرم‌افزارهای محاسباتی در لینوکس و یونیکس

    • آشنایی با انواع فایل‌های فشرده و نحوه اکسترکت کردن آنها
    • نصب نرم‌افزار با استفاده از pakage installer سیستم‌عامل
    • نصب برنامه‌های تجاری دارای installer
    • نصب برنامه‌‌های کرک شده

زمان‌بندی کارگاه:

تاریخ برگزاری:  ۲۶ مهر تا ۸ آبان ۱۳۹۷

تعداد جلسات: ۷ جلسه

مهلت ثبت نام:  ۲۵ مهر ١٣٩۷

ساعت رفع اشکال: ۸:۳۰ تا ۹:۳۰ شب

نحوه برگزای کلاس:

مطالب ارائه شده در کلاس‌‌‌های مجازی همان مطالبی است که در کلاس‌‌های حضوری ارائه می‌شود با این تفاوت که دانشجو به جای حضور در کلاس وارد سایت نیکوپردازش شده و مطالب آموزشی را با استفاده از یک دستگاه متصل به اینترنت ( کامپیوتر، تبلت و یا حتی تلفن هوشمند) دریافت می‌کند. کارگاه‌های آموزشی نیکوپردازش از دو بخش محتوی آموزشی و رفع اشکال تشکیل شده است. محتوی آموزشی هر جلسه شامل فیلم، اسلاید، فایل صوتی، متن و ... است که  به صورت آنلاین در دسترس دانشجویان قرار می‌گیرد و محدود به ساعت خاصی از شبانه‌روز نیست. این مطالب از زمان بارگزاری تا یک هفته پس از پایان دوره قابل دسترسی‌اند و محدودیتی برای دفعات مشاهده وجود ندارد. در هر جلسه همراه با فیلم‌های آموزشی فعالیت‌‌‌هایی مانند کوئیز و تمرینات عملی برای دانشجویان در نظر گرفته شده است، همچنین دانشجویان امکان طرح سوال از استاد و یا بحث و تبادل نظر با سایر دانشجویان را دارند.

بخش رفع اشکال در ساعتی مشخص (اوایل شب) برگزار خواهد شد که در این ساعت دانشجویان با استاد کارگاه در تماس بوده و سوالات و مشکلات خود را مطرح می‌کنند. هر جلسه از کارگاه در حدود یک ساعت و نیم محتوی آموزشی و یک ساعت رفع اشکال دارد.

هزینه شرکت در کارگاه:

۲۱۰ هزار تومان برای دانشجویان - ۲۸۰ هزار تومان سایر اشخاص -

تخفیف برای ثبت‌نام همزمان: در صورت ثبت‌نام همزمان در  چند دوره در یک فصل (تعداد دوره منهی یک × ۱۰)٪ تخقیف تا سقف ۳۰٪  از کل هزینه کسر خواهد شد.

تخفیف برای ثبت‌نام گروهی: در صورت معرفی دوستان و ثبت‌نام گروهی در یک کارگاه (تعداد نفرات × ۵) ٪ تخقیف تا سقف ۳۰٪ به هر یک از افراد تعلق خواهد گرفت.

مراحل ثبت نام:

یک: عضو سایت شوید (کمتر از یک دقیقه).

دو: هزینه کارگاه را به شماره حساب سیبا ۰۳۰۷۷۵۰۵۳۸۰۰۱ و یا شماره کارت: ۵۲۰۶-۸۲۹۹-۹۹۱۸-۶۰۳۷ به نام حسین حجی آبادی واریز کنید.

سه: عکس رسید بانکی را با استفاده از تلگرام به شماره ۰۹۱۲۴۶۸۳۳۸۹ و یا به آدرس این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید ارسال کنید.

ملاحظات:

  • ظرفیت دوره محدود است و اولویت با کسانی است که زودتر ثبت‌نام کنند.

  • برای استفاده از تخفیف دانشجویی، تصویر کارت دانشجویی خود را به همراه رسید بانکی ارسال نمایند.

  • برای اطلاعات بیشتر درباره کارگاه‌های مجازی این صفحه را ملاحضه فرمائید.

  • در این کارگاه برای آموزش از لینوکس centos 7 استفاده می‌شود با این حال مطالب آموزش داده شده روی تمام نسخه‌های لینوکس و یونیکس قابل استفاده است.

  • برای آگاهی بیشتر از مزایای سیستم عامل لینوکس و یونیکس این مقاله را مطالعه فرمایید.

  • نصب سیستم‌عامل لینوکس centos 7 در طی این دوره آموزش داده می‌شود و شرکت کنندگان باید قبل از شروع دوره DVD نصب آن‌را تهیه کنند. این سیستم‌عامل رایگان و از این لینک قابل دانلود است.

کارگاه مجازی آموزش نرم افزار گرومکس

نرم‌افزار گرومکس ابزاری همه‌کاره برای انجام شبیه‌سازی دینامیک مولکولی است که توانایی حل معادله حرکت نیوتن برای سیستم‌هایی شامل صدها تا میلیون‌ها ذره را دارد. گرومکس در اصل برای مولکول‌های بیوشیمیایی مانند پروتين‌ها، لیپید‌ها و اسید‌های نکلئیک طراحی شده است با این‌حال به خاطر سرعت بسیار بالای این نرم‌افزار در محاسبه برهکنش‌های غیرپیوندی از این نرم‌افزار برای تحقیق روی طیف گسترده‌تری از ترکیبات شامل پلیمرها و نانوذرات نیز استفاده می‌شود.
در این کارگاه نرم‌افزار GROMACS همراه با نرم‌افزار vmd از صفر آموزش داده می‌شود و دانشجو مهمترین قابلیت‌های این دو را همراه با مثال‌های کاربردی خواهد آموخت. این کارگاه صرفا برای آموزش کاربری گرومکس نیست و مفاهیم پایه دینامیک مولکولی برای انجام شبیه‌سازی نیز به صورت مختصر آموزش داده می‌شود. شرکت در این کارگاه به کلیه دانشجویان و اساتید شیمی، فیزیک حالت جامد، زیست مولکولی، ژنتیک، داروسازی و مهندسی مواد علاقه‌مند به شبیه‌سازی‌های مولکولی توصیه می‌شود.

سرفصل مطالب:

  • آشنایی با مفاهیم بنیادی دینامیک مولکولی و انواع فایل‌های ورودی و خروجی گرومکس 

    • مقدماتی درباره دینامیک مولکولی کلاسیک
    • آشنایی با مفاهیم بنیادی دینامیک مولکولی مانند PBC, cut-off, time step, neighbour list و غیره
    • آشنایی با انواع فایل‌های ورودی و خروجی گرومکس
    • آشنایی با شمای کلی شبیه‌سازی دینامیک ملکولی با استفاده از گرومکس
    • دستورات ضروری لینوکس
    • نصب گرومکس و vmd روی لینوکس
  • انجام شبیه‌سازی روی یک پروتئین کوچک

    • پیدا کردن ساختار‌ پروتئین‌ها و مولکول‌های زیستی
    • آماده‌سازی ساختار پروتئین برای انجام شبیه‌سازی
    • آشنایی با نرم‌افزار vmd
    • مینیمم کردن انرژی سیستم
    • شبیه‌سازی در آنسمبل NVT
    • شبیه‌سازی در آنسمبل NPT
  • شبیه‌سازی دینامیک مولکولی در محیط محلول

    • آشنایی با انواع مدل‌های آب در گرومکس
    • اظافه کردن مولکول‌های آب به باکس شبیه‌سازی
    • تنظیم نوع و ابعاد باکس شبیه‌سازی
    • انجام شبیه‌سازی در محیط آبی
    • تفسیر فایل‌‌های خروجی شبیه‌سازی
  • محاسبه انرژی آزاد و آنالیز نتایج شبیه‌سازی

    • محاسبه انرژی آزاد حلالیت ساختار‌‌‌ها زیستی
    • مشاهده و رسم نمودار برای مسیر شبیه‌سازی
    • آشنایی با ابزار‌‌های آماری گرومکس برای آنالیز شبیه‌سازی
  • محاسبه‌ انرژی آزاد اتصال پروتئین با لیگاند

    • ساخت آرایش‌های سیستم در راستای مختصات واکنش
    • آشنایی و به‌کارگیری روش umberlla برای نمونه‌برداری از سیستم
    • آشنایی با پتانسیل نیروهای متوسط و نحوه استخراج آنها
    • محاسبه انرژی آزاد اتصال با استفاده از روش WHAM
  • شبیه‌سازی غشاء‌های زیستی

    • ایجاد ساختار‌های پپتیدی با استفاده از نرم‌افزار امبر‌تولز
    • افزودن پارامترهای مورد نیاز به فورس‌فیلد‌‌های گرومکس برای انجام شبیه‌سازی روی ساختار‌های لیپیدی
    • ساختن سلول واحد و تنظیم آرایش پروتئین-غشاء
    • افزودن حلال و یون به سیستم
    • حداقل‌سازی انرژی و شبیه‌سازی برهمکنش پروتئین غشاء
    • آنالیز شبیه‌سازی پروتئین-غشاء
  • شبیه‌سازی نانولوله‌های کربنی

    • ساخت مختصات نانولوله‌های کربنی
    • اضافه کردن انواع گازها و یا حلال‌های غیر استاندارد به سیستم
    • آشنایی با فایل‌های فورس‌فیلد گرومکس
    • اضافه کردن پارامتر‌های مورد نیاز برای شبیه‌سازی نانولوله‌‌های کربنی
    • شبیه‌سازی برهمکنش نانولوله کربنی با گاز هیدروژن
    • محاسبه ظرفیت گرمایی سیستم
  • شبیه‌سازی با استفاده از روش ترکیبی QM/MM

    • آشنایی با محدودیت‌های دینامیک مولکولی کلاسیک و دلایل استفاده از روش QM/MM
    • ساخت یک سیستم DNA در حلال استاندارد
    • متعادل‌سازی سیستم DNA حلال
    • تنظیم سیستم برای انجام شبیه‌سازی QM/MM
    • بررسی تاثیر کم‌کردن یک الکترون از سیستم با استفاده از شبیه‌سازی QM/MM

زمان‌بندی کارگاه:

تاریخ برگزاری:  ۱۰ تا ۲۴ آبان ۱۳۹۷

تعداد جلسات: ۸ جلسه

مهلت ثبت نام:  ۹ آبان ١٣٩۷

ساعت رفع اشکال: ۹:۰۰ تا ۱۰:۰۰ شب

نحوه برگزای کلاس:

مطالب ارائه شده در کلاس‌‌‌های مجازی همان مطالبی است که در کلاس‌‌های حضوری ارائه می‌شود با این تفاوت که دانشجو به جای حضور در کلاس وارد سایت نیکوپردازش شده و مطالب آموزشی را با استفاده از یک دستگاه متصل به اینترنت ( کامپیوتر، تبلت و یا حتی تلفن هوشمند) دریافت می‌کند. کارگاه‌های آموزشی نیکوپردازش از دو بخش محتوی آموزشی و رفع اشکال تشکیل شده است. محتوی آموزشی هر جلسه شامل فیلم، اسلاید، فایل صوتی، متن و ... است که  به صورت آنلاین در دسترس دانشجویان قرار می‌گیرد و محدود به ساعت خاصی از شبانه‌روز نیست. این مطالب از زمان بارگزاری تا یک هفته پس از پایان دوره قابل دسترسی‌اند و محدودیتی برای دفعات مشاهده وجود ندارد. در هر جلسه همراه با فیلم‌های آموزشی فعالیت‌‌‌هایی مانند کوئیز و تمرینات عملی برای دانشجویان در نظر گرفته شده است، همچنین دانشجویان امکان طرح سوال از استاد و یا بحث و تبادل نظر با سایر دانشجویان را دارند.

بخش رفع اشکال در ساعتی مشخص (اوایل شب) برگزار خواهد شد که در این ساعت دانشجویان با استاد کارگاه در تماس بوده و سوالات و مشکلات خود را مطرح می‌کنند. هر جلسه از کارگاه در حدود یک ساعت و نیم محتوی آموزشی و یک ساعت رفع اشکال دارد.

هزینه شرکت در کارگاه:

۲۴۰ هزار تومان برای دانشجویان - ۳۲۰ هزار تومان سایر اشخاص

تخفیف برای ثبت‌نام همزمان: در صورت ثبت‌نام همزمان در  چند کارگاه در یک فصل (تعداد دوره منهی یک × ۱۰)٪ تخقیف  تا سقف ۳۰٪  از کل هزینه کسر خواهد شد.

تخفیف برای ثبت‌نام گروهی: در صورت معرفی دوستان و ثبت‌نام گروهی در یک کارگاه (تعداد نفرات × ۵) ٪ تخقیف تا سقف ۳۰٪ به هر یک از افراد تعلق خواهد گرفت.

مراحل ثبت نام:

یک: عضو سایت شوید (کمتر از یک دقیقه).

دو: هزینه کارگاه را به شماره حساب سیبا ۰۳۰۷۷۵۰۵۳۸۰۰۱ و یا شماره کارت: ۵۲۰۶-۸۲۹۹-۹۹۱۸-۶۰۳۷ به نام حسین حجی آبادی واریز کنید.

سه: عکس رسید بانکی را با استفاده از تلگرام به شماره ۰۹۱۲۴۶۸۳۳۸۹ و یا به آدرس این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید ارسال کنید.

ملاحظات:

  • ظرفیت دوره محدود است و اولویت با کسانی است که زودتر ثبت‌نام کنند.

  • برای استفاده از تخفیف دانشجویی، تصویر کارت دانشجویی خود را به همراه رسید بانکی ارسال نمایند.

  • آشنایی با سیستم‌عامل لینوکس و به خصوص محیط متنی آن برای شرکت در این دوره ضروری است. در صورتی که با این سیستم‌عامل آشنایی ندارید، توصیه می‌شود در دوره لینوکس و یونیکس نیز ثبت نام کنید.

  • نصب گرومکس در سیستم‌عامل لینوکس در این دوره آموزش داده خواهد شد و شرکت کنندگاه قبل از شروع دوره باید لینوکس centos 7 را روی رایانه خود نصب کنند.

  • برای اطلاعات بیشتر درباره کارگاه‌های مجازی این صفحه را ملاحضه فرمائید.

کارگاه مجازی آموزش نرم افزار گوسین

نرم‌افزار گوسین یکی از جامعترین و کارآمدترین نرم‌افزارهای محاسبات ساختار الکترونی است. این نرم‌افزار شامل بسیاری از روش‌های محاسبات کوانتومی می‌شود و به صورت گسترده توسط شیمیدان‌ها، مهندسین شیمی و مواد، بیوشیمیست‌ها، فیزیک‌دانها و سایر پژوهشگران استفاده می‌شود. تمرکز این نرم‌افزار بیشتر روی محاسبات استاتیک و توابع موج اسلیتر و گوسی شکل است و برای محاسبه خواص مولکول‌های گازی  مجزا  و شبیه‌سازی مولکول‌ها در حلال کارایی بسیار خوبی دارد.  نرم‌افزار گوسین برای پلتفرم‌های مختلف از جمله لینوکس و ویندوز کامپایل شده است و در استفاده از آن هیچ محدودیتی بجر توان محاسباتی کامپیوتر شما وجود ندارد.

این کارگاه نرم‌افزار گوسین را از پایین‌ترین سطح به شما آموزش داده خواهد شد و شامل بسیاری از قابلیت‌ها اصلی این نرم‌افزار می‌شود. همجنین آموزش بسیاری از مفاهیم تئوری که برای درک محاسبات ساختار الکترونی ضروری است در برنامه درسی این کارگاه گنجانده شده است. 

سرفصل مطالب:

  • آشنایی با روش‌های محاسباتی و نحوه اجرای گوسین در محیط لینوکس و ویندوز 

    • آشنایی با انواع روش‌های محاسباتی
    • آشنایی با برخی مفاهیم محاسباتی
    • اجرای گوسین در محیط ویندوز
    • بچ کردن محاسبات در محیط لینوکس
    • دستورات ضروری لینوکس/یونیکس
    • اجرای گوسین در محیط لینوکس/یونیکس
    • بچ کردن محاسبات در محیط لینوکس/یونیکس
  • آشنایی با قالب فایل ورودی گوسین و آموزش ساخت فایل ورودی

    • آناتومی فایل ورودی گوسین
    • کنترل سخت افزار با استفاده از لینک صفر
    • ایجاد ساختارهای مولکولی با استفاده از گوس‌ویو
    • اجرای محاسبات چند مرحله ای گوسین
    • ری‌استارت کردن محاسبات گوسین
  • محاسبه انرژی بااستفاده از گوسین

    • آشنایی با روش SCF و همگرا شدن محاسبه
    • محاسبه انرژی حالات برانگیخته
    • محاسبه خطای برهم‌نهی تابع پایه BSSE
  • آشنایی با سطح انرژی پتانسیل و بهینه سازی ساختار

    • جستجوی ساختار مینیمم
    • جستجوی ساختار حالت گذار
    • جستجوی مسیر واکنش
  • محاسبه خواص اسپکتروسکوپی با استفاده از گوسین

    • محاسبه طیف مرئی UV
    • محاسبه طیف مادون قرمز و رامان IR&RAMAN
    • محاسبه طیف NMR
  • محاسبه خواص ترمودینامیکی با استفاده از گوسین

    • محاسبه آنتالپی، آنتروپی و انرژی آزاد واکنش
    • محاسبه آنتالپی، آنتروپی و انرژی آزاد تشکیل
    • محاسبه سرعت واکنش
  • آنالیز تابع موج و اوربیتال با استفاده از گوسین

    • محاسبه انرژی اوربیتال های HOMO و LUMO
    • آنالیز پیوند طبیعی NBO
    • آنالیز اتم در مولکول AIM
    • رسم چگالی الکترون و اوربیتال‌های مولکولی
  • روش های پیشرفته در گوسین

    • استفاده از مدل های حلال در گوسین
    • روش ترکیبی ONIOM گوسین
    • انجام محاسبه روی سیستم ها متناوب با استفاده Periodic Boundary Conditions

زمان‌بندی کارگاه:

تاریخ برگزاری:  ۲۶ آبان تا ۱۲ آذر ۱۳۹۷

تعداد جلسات: ۹ جلسه

مهلت ثبت نام:  ۲۵ آبان ١٣٩۷

ساعت رفع اشکال: ۸:۳۰ تا ۹:۳۰ شب

نحوه برگزای کلاس:

مطالب ارائه شده در کلاس‌‌‌های مجازی همان مطالبی است که در کلاس‌‌های حضوری ارائه می‌شود با این تفاوت که دانشجو به جای حضور در کلاس وارد سایت نیکوپردازش شده و مطالب آموزشی را با استفاده از یک دستگاه متصل به اینترنت ( کامپیوتر، تبلت و یا حتی تلفن هوشمند) دریافت می‌کند. کارگاه‌های آموزشی نیکوپردازش از دو بخش محتوی آموزشی و رفع اشکال تشکیل شده است. محتوی آموزشی هر جلسه شامل فیلم، اسلاید، فایل صوتی، متن و ... است که  به صورت آنلاین در دسترس دانشجویان قرار می‌گیرد و محدود به ساعت خاصی از شبانه‌روز نیست. این مطالب از زمان بارگزاری تا یک هفته پس از پایان دوره قابل دسترسی‌اند و محدودیتی برای دفعات مشاهده وجود ندارد. در هر جلسه همراه با فیلم‌های آموزشی فعالیت‌‌‌هایی مانند کوئیز و تمرینات عملی برای دانشجویان در نظر گرفته شده است، همچنین دانشجویان امکان طرح سوال از استاد و یا بحث و تبادل نظر با سایر دانشجویان را دارند.

بخش رفع اشکال در ساعتی مشخص (اوایل شب) برگزار خواهد شد که در این ساعت دانشجویان با استاد کارگاه در تماس بوده و سوالات و مشکلات خود را مطرح می‌کنند. هر جلسه از کارگاه در حدود یک ساعت و نیم محتوی آموزشی و یک ساعت رفع اشکال دارد.

هزینه شرکت در کارگاه:

۲۴۰ هزار تومان برای دانشجویان - ۳۲۰ هزار تومان سایر اشخاص

تخفیف برای ثبت‌نام همزمان: در صورت ثبت‌نام همزمان در  چند کارگاه در یک فصل (تعداد دوره منهی یک × ۱۰)٪ تخقیف  تا سقف ۳۰٪  از کل هزینه کسر خواهد شد.

تخفیف برای ثبت‌نام گروهی: در صورت معرفی دوستان و ثبت‌نام گروهی در یک کارگاه (تعداد نفرات × ۵) ٪ تخقیف تا سقف ۳۰٪ به هر یک از افراد تعلق خواهد گرفت.

مراحل ثبت نام:

یک: عضو سایت شوید (کمتر از یک دقیقه).

دو: هزینه کارگاه را به شماره حساب سیبا ۰۳۰۷۷۵۰۵۳۸۰۰۱ و یا شماره کارت: ۵۲۰۶-۸۲۹۹-۹۹۱۸-۶۰۳۷ به نام حسین حجی آبادی واریز کنید.

سه: عکس رسید بانکی را با استفاده از تلگرام به شماره ۰۹۱۲۴۶۸۳۳۸۹ و یا به آدرس این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید ارسال کنید.

ملاحظات:

  • ظرفیت دوره محدود است و اولویت با کسانی است که زودتر ثبت‌نام کنند.

  • برای استفاده از تخفیف دانشجویی، تصویر کارت دانشجویی خود را به همراه رسید بانکی ارسال نمایند.

  • برای اطلاعات بیشتر درباره کارگاه‌های مجازی این صفحه را ملاحضه فرمائید.

کارگاه مجازی آموزش نرم‌افزار NWChem

سرفصل مطالب:

  • آشنایی با روش‌های محاسباتی و نحوه اجرای NWChem 

    • آشنایی با انواع روش‌های محاسباتی
    • آشنایی با برخی مفاهیم بنیادی محاسباتی
    • آشنایی با انواع توابع پایه
    • آموزش دستورات ضروری لینوکس
    • آموزش اجرای NWChem
    • آموزش بچ کردن محاسبات NWChem
  • آشنایی با قالب فایل ورودی و خروجی NWChem و آموزش ساخت فایل ورودی

    • آناتومی فایل ورودی گوسین
  • محاسبه انرژی بااستفاده از NWChem

    • آشنایی با روش SCF و همگرا شدن محاسبه
    • محاسبه انرژی سیستم‌های باردار و لایه باز
    • محاسبه انرژی حالات برانگیخته با استفاده از روش‌های  TDHF، TDDFT، CIS
    • محاسبه خطای بر‌همنهی تابع پایه BSSE
  • بهینه سازی ساختار و آنالیز سطح انرژی پتانسیل

    • جستجوی ساختار مینیمم
    • جستجوی ساختار حالت‌گذار
    • اعمال محدودیت روی محاسبه بهینه‌سازی
    • جستجوی مسیر واکنش با استفاده از روش NEB
  • محاسبه خواص ساختارهای مولکولی

    • محاسبه فرکانس‌های ارتعاشی و رامان
    • محاسبه طیف NMR و EPR
    • محاسبه پتانسیل الکترواستاتیکی ESP و دانسیته و اسپین الکترون در هسته
    • محاسبه خواص ترموشیمایی
  • مدل‌های حلال و روش‌های ترکیبی

    • شبیه‌سازی implicit حلال با استفاده از مدل حلال COSMO و SMD
    • شبیه‌سازی explicit حلال با استفاده از روش ترکیبی QM/MM
    • شبیه‌سازی ساختار‌های بزرگ با استفاده از روش ترکیبی ONIOM
  • محاسبه خواص سطوح، مایعات و کریستال‌ها با استفاده از توابع موج مسطح

    • آشنایی با توابع موج مسطح Plane-waves و شبه‌پتانسیل‌ها Pseudopotentials
    • آشنایی با مفاهیم بنیادی سیستم‌های حالت جامد و توابع موج مسطح
    • تنظیم پارامتر‌های سل
    • آموزش انواع محاسبات گاما‌پوینت برای سیستم‌های  حالت جامد شامل محاسبه انرژی، بهینه‌سازی ساختار و سل، محاسبه فرکانس و غیره
    • محاسبه دانسیته حالات DOS و Band Strucure

زمان‌بندی کارگاه:

تاریخ برگزاری:  به زوی

تعداد جلسات: ۷ جلسه

مهلت ثبت نام:  به زودی

ساعت رفع اشکال: ۸:۰۰ تا ۹:۰۰ شب

نحوه برگزای کلاس:

مطالب ارائه شده در کلاس‌‌‌های مجازی همان مطالبی است که در کلاس‌‌های حضوری ارائه می‌شود با این تفاوت که دانشجو به جای حضور در کلاس وارد سایت نیکوپردازش شده و مطالب آموزشی را با استفاده از یک دستگاه متصل به اینترنت ( کامپیوتر، تبلت و یا حتی تلفن هوشمند) دریافت می‌کند. کارگاه‌های آموزشی نیکوپردازش از دو بخش محتوی آموزشی و رفع اشکال تشکیل شده است. محتوی آموزشی هر جلسه شامل فیلم، اسلاید، فایل صوتی، متن و ... است که  به صورت آنلاین در دسترس دانشجویان قرار می‌گیرد و محدود به ساعت خاصی از شبانه‌روز نیست. این مطالب از زمان بارگزاری تا یک هفته پس از پایان دوره قابل دسترسی‌اند و محدودیتی برای دفعات مشاهده وجود ندارد. در هر جلسه همراه با فیلم‌های آموزشی فعالیت‌‌‌هایی مانند کوئیز و تمرینات عملی برای دانشجویان در نظر گرفته شده است، همچنین دانشجویان امکان طرح سوال از استاد و یا بحث و تبادل نظر با سایر دانشجویان را دارند.

بخش رفع اشکال در ساعتی مشخص (اوایل شب) برگزار خواهد شد که در این ساعت دانشجویان با استاد کارگاه در تماس بوده و سوالات و مشکلات خود را مطرح می‌کنند. هر جلسه از کارگاه در حدود یک ساعت و نیم محتوی آموزشی و یک ساعت رفع اشکال دارد.

هزینه شرکت در کارگاه:

۲۱۰ هزار تومان برای دانشجویان - ۲۸۰ هزار تومان سایر اشخاص

تخفیف برای ثبت‌نام همزمان: در صورت ثبت‌نام همزمان در  چند کارگاه در یک فصل (تعداد دوره منهی یک × ۱۰)٪ تخقیف  تا سقف ۳۰٪  از کل هزینه کسر خواهد شد.

تخفیف برای ثبت‌نام گروهی: در صورت معرفی دوستان و ثبت‌نام گروهی در یک کارگاه (تعداد نفرات × ۵) ٪ تخقیف تا سقف ۳۰٪ به هر یک از افراد تعلق خواهد گرفت.

مراحل ثبت نام:

یک: عضو سایت شوید (کمتر از یک دقیقه).

دو: هزینه کارگاه را به شماره حساب سیبا ۰۳۰۷۷۵۰۵۳۸۰۰۱ و یا شماره کارت: ۵۲۰۶-۸۲۹۹-۹۹۱۸-۶۰۳۷ به نام حسین حجی آبادی واریز کنید.

سه: عکس رسید بانکی را با استفاده از تلگرام به شماره ۰۹۱۲۴۶۸۳۳۸۹ و یا به آدرس این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید ارسال کنید.

ملاحظات:

  • ظرفیت دوره محدود است و اولویت با کسانی است که زودتر ثبت‌نام کنند.

  • برای استفاده از تخفیف دانشجویی، تصویر کارت دانشجویی خود را به همراه رسید بانکی ارسال نمایند.

  • آشنایی مقدماتی با سیستم‌عامل لینوکس و به خصوص محیط متنی آن برای شرکت در این دوره ضروری است. در صورتی که با این سیستم‌عامل آشنایی ندارید، توصیه می‌شود در دوره لینوکس و یونیکس نیز ثبت نام کنید.

  • نصب NWChem در سیستم‌عامل لینوکس در این دوره آموزش داده خواهد شد و شرکت کنندگاه قبل از شروع دوره باید لینوکس centos 7 را روی رایانه خود نصب کنند.

  • برای اطلاعات بیشتر درباره کارگاه‌های مجازی این صفحه را ملاحضه فرمائید.