کارگاه مجازی آشنایی با لینوکس و یونیکس برای اجرای محاسبات علمی

سرفصل مطالب:

  • مقدمه و نصب سیستم عامل

    • تاریخچه یونیکس و لینوکس
    • اجزاء سیستم عامل لینوکس و یونیکس
    • تفاوت‌های ویندوز با لینوکس و یونیکس
    • آشنایی با سیستم فایل لینوکس و یونیکس
    • نصب سیستم عامل لینوکس
  • آشنایی با محیط متنی (Shell) لینوکس و یونیکس

    • آناتومی دستورات در لینوکس و یونیکس و اجرای چند دستور ساده
    • انواع آدرس‌دهی در محیط لینوکس و یونیکس
    • حرکت کردن در سیستم‌فایل لینوکس/یونیکس و مدیریت فایل‌های ورودی و خروجی
  • ویرایش فایل ورودی و خروجی

    • معرفی ‌فایل‌های متنی ساده
    • مشاهده محتویات فایل‌های ورودی و خروجی در محیط متنی لینوکس
    • معرفی انواع ویرایش‌گرهای متنی
    • ساخت فایل‌های ورودی با استفاده از ویرایشگر vim
  • دستورات پیشرفته لینوکس/یونیکس

    • آشنایی با متاکارکتر‌ها، پایپ‌کردن و ری‌دایرکت کردن دستورات
    • اجرای نرم‌افزارهای محاسباتی در محیط لینوکس/یونیکس
    • دستورات پیشرفته برای مدیریت و ویرایش فایل‌های ورودی و خروجی
  • آشنایی با مفاهیم کاربر، گروه و مجوز‌ فایل

    • مفهوم کاربر و گروه
    • ایجاد و ویرایش کاربر و گروه
    • مجوز فایل‌ها و نحوه تغییر دادن مجوز‌ها
  • مدیریت پروسه‌های محاسباتی در ‌لینوکس و یونیکس

    • تعریف پروسه‌
    • انواع فایل‌های اجرایی
    • مانیتور کردن محاسبات
    • توقف و قطع کامل محاسابات
    • انجام محاسبات در پیش‌زمینه و پس‌زمینه Shell
    • بچ کردن محاسبات در لینوکس و یونیکس
  • نصب نرم‌افزارهای محاسباتی در لینوکس و یونیکس

    • آشنایی با انواع فایل‌های فشرده و نحوه اکسترکت کردن آنها
    • نصب نرم‌افزار با استفاده از pakage installer سیستم‌عامل
    • نصب برنامه‌های تجاری دارای installer
    • نصب برنامه‌‌های کرک شده

زمان‌بندی کارگاه:

تاریخ برگزاری:  ۵ تا ۱۱ مرداد ۱۳۹۶

تعداد جلسات: ۷ جلسه

مهلت ثبت نام:  ۳٠ تیر ١٣٩٦

ساعت رفع اشکال: ۸:۰۰ تا ۹:۰۰ شب

نحوه برگزای کلاس:

مطالب ارائه شده در کلاس‌‌‌های مجازی همان مطالبی است که در کلاس‌‌های حضوری ارائه می‌شود با این تفاوت که دانشجو به جای حضور در کلاس وارد سایت نیکوپردازش شده و مطالب آموزشی را با استفاده از یک دستگاه متصل به اینترنت ( کامپیوتر، تبلت و یا حتی تلفن هوشمند) دریافت می‌کند. محتوی آموزشی هر جلسه شامل فیلم، اسلاید، فایل صوتی، متن و ... است که در یک بازه زمانی خاص (حداقل ۴۸ ساعت) در دسترس دانشجویان قرار می‌گیرد. در هر جلسه همراه با محتوی آموزشی فعالیت‌‌‌هایی مانند کوئیز و تمرینات عملی برای دانشجویان در نظر گرفته شده است، همچنین دانشجویان امکان طرح سوال از استاد و یا بحث و تبادل نظر با سایر دانشجویان را دارند. در پایان هر روز ساعتی خاص (ساعت رفع اشکال) برای رفع اشکال در نظر گرفته می‌شود که استاد تمرینات انجام شده توسط دانشجویان را چک و به مشکلات و سولات آنها رسیدگی می‌کند.

هزینه شرکت در کارگاه:

۱۸۵ هزار تومان برای دانشجویان - ۲۳۰ هزار تومان سایر اشخاص - ۲۰٪ تخفیف در صورت ثبت‌نام همزمان با یک دوره دیگر در تابستان ۹۶

مراحل ثبت نام:

یک: عضو سایت شوید (کمتر از یک دقیقه).

دو: هزینه کارگاه را به شماره حساب سیبا ۰۳۰۷۷۵۰۵۳۸۰۰۱ و یا شماره کارت: ۵۲۰۶-۸۲۹۹-۹۹۱۸-۶۰۳۷ به نام حسین حجی آبادی واریز کنید.

سه: عکس رسید بانکی را با استفاده از تلگرام به شماره ۰۹۱۲۴۶۸۳۳۸۹ و یا به آدرس این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید ارسال کنید.

ملاحظات:

  • ظرفیت دوره محدود است و اولویت با کسانی است که زودتر ثبت‌نام کنند.

  • برای استفاده از تخفیف دانشجویی، تصویر کارت دانشجویی خود را به همراه رسید بانکی ارسال نمایند.

  • برای اطلاعات بیشتر درباره کارگاه‌های مجازی این صفحه را ملاحضه فرمائید.

  • در این کارگاه برای آموزش از لینوکس centos 7 استفاده می‌شود با این حال مطالب آموزش داده شده روی تمام نسخه‌های لینوکس و یونیکس قابل استفاده است.

  • برای آگاهی بیشتر از مزایای سیستم عامل لینوکس و یونیکس این مقاله را مطالعه فرمایید.

  • نصب سیستم‌عامل لینوکس centos 7 در طی این دوره آموزش داده می‌شود و شرکت کنندگان باید قبل از شروع دوره DVD نصب آن‌را تهیه کنند. این سیستم‌عامل رایگان و از این لینک قابل دانلود است.

کارگاه مجازی آموزش نرم افزار گوسین

سرفصل مطالب:

  • آشنایی با روش‌های محاسباتی و نحوه اجرای گوسین در محیط لینوکس و ویندوز 

    • آشنایی با انواع روش‌های محاسباتی
    • آشنایی با برخی مفاهیم محاسباتی
    • اجرای گوسین در محیط ویندوز
    • بچ کردن محاسبات در محیط لینوکس
    • دستورات ضروری لینوکس/یونیکس
    • اجرای گوسین در محیط لینوکس/یونیکس
    • بچ کردن محاسبات در محیط لینوکس/یونیکس
  • آشنایی با قالب فایل ورودی گوسین و آموزش ساخت فایل ورودی

    • آناتومی فایل ورودی گوسین
    • کنترل سخت افزار با استفاده از لینک صفر
    • ایجاد ساختارهای مولکولی با استفاده از گوس‌ویو
    • اجرای محاسبات چند مرحله ای گوسین
    • ری‌استارت کردن محاسبات گوسین
  • محاسبه انرژی بااستفاده از گوسین

    • آشنایی با روش SCF و همگرا شدن محاسبه
    • محاسبه انرژی حالات برانگیخته
    • محاسبه خطای برهم‌نهی تابع پایه BSSE
  • آشنایی با سطح انرژی پتانسیل و بهینه سازی ساختار

    • جستجوی ساختار مینیمم
    • جستجوی ساختار حالت گذار
    • جستجوی مسیر واکنش
  • محاسبه خواص اسپکتروسکوپی با استفاده از گوسین

    • محاسبه طیف مرئی UV
    • محاسبه طیف مادون قرمز و رامان IR&RAMAN
    • محاسبه طیف NMR
  • محاسبه خواص ترمودینامیکی با استفاده از گوسین

    • محاسبه آنتالپی، آنتروپی و انرژی آزاد واکنش
    • محاسبه آنتالپی، آنتروپی و انرژی آزاد تشکیل
    • محاسبه سرعت واکنش
  • آنالیز تابع موج و اوربیتال با استفاده از گوسین

    • محاسبه انرژی اوربیتال های HOMO و LUMO
    • آنالیز پیوند طبیعی NBO
    • آنالیز اتم در مولکول AIM
    • رسم چگالی الکترون و اوربیتال‌های مولکولی
  • روش های پیشرفته در گوسین

    • استفاده از مدل های حلال در گوسین
    • روش ترکیبی ONIOM گوسین
    • انجام محاسبه روی سیستم ها متناوب با استفاده Periodic Boundary Conditions

زمان‌بندی کارگاه:

تاریخ برگزاری:  ۲۱ تا ۲۹ مرداد ۱۳۹۶

تعداد جلسات: ۹ جلسه

مهلت ثبت نام:  ۷ مرداد ١٣٩٦

ساعت رفع اشکال: ۸:۳۰ تا ۹:۳۰ شب

نحوه برگزای کلاس:

مطالب ارائه شده در کلاس‌‌‌های مجازی همان مطالبی است که در کلاس‌‌های حضوری ارائه می‌شود با این تفاوت که دانشجو به جای حضور در کلاس وارد سایت نیکوپردازش شده و مطالب آموزشی را با استفاده از یک دستگاه متصل به اینترنت ( کامپیوتر، تبلت و یا حتی تلفن هوشمند) دریافت می‌کند. محتوی آموزشی هر جلسه شامل فیلم، اسلاید، فایل صوتی، متن و ... است که در یک بازه زمانی خاص (حداقل ۴۸ ساعت) در دسترس دانشجویان قرار می‌گیرد. در هر جلسه همراه با محتوی آموزشی فعالیت‌‌‌هایی مانند کوئیز و تمرینات عملی برای دانشجویان در نظر گرفته شده است، همچنین دانشجویان امکان طرح سوال از استاد و یا بحث و تبادل نظر با سایر دانشجویان را دارند. در پایان هر روز ساعتی خاص (ساعت رفع اشکال) برای رفع اشکال در نظر گرفته می‌شود که استاد تمرینات انجام شده توسط دانشجویان را چک و به مشکلات و سولات آنها رسیدگی می‌کند.

هزینه شرکت در کارگاه:

۲۳۵ هزار تومان برای دانشجویان - ۲۹۰ هزار تومان سایر اشخاص

مراحل ثبت نام:

یک: عضو سایت شوید (کمتر از یک دقیقه).

دو: هزینه کارگاه را به شماره حساب سیبا ۰۳۰۷۷۵۰۵۳۸۰۰۱ و یا شماره کارت: ۵۲۰۶-۸۲۹۹-۹۹۱۸-۶۰۳۷ به نام حسین حجی آبادی واریز کنید.

سه: عکس رسید بانکی را با استفاده از تلگرام به شماره ۰۹۱۲۴۶۸۳۳۸۹ و یا به آدرس این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید ارسال کنید.

ملاحظات:

  • ظرفیت دوره محدود است و اولویت با کسانی است که زودتر ثبت‌نام کنند.

  • برای استفاده از تخفیف دانشجویی، تصویر کارت دانشجویی خود را به همراه رسید بانکی ارسال نمایند.

  • برای اطلاعات بیشتر درباره کارگاه‌های مجازی این صفحه را ملاحضه فرمائید.

کارگاه مجازی آموزش نرم‌افزار NWChem

سرفصل مطالب:

  • آشنایی با روش‌های محاسباتی و نحوه اجرای NWChem 

    • آشنایی با انواع روش‌های محاسباتی
    • آشنایی با برخی مفاهیم بنیادی محاسباتی
    • آشنایی با انواع توابع پایه
    • آموزش دستورات ضروری لینوکس
    • آموزش اجرای NWChem
    • آموزش بچ کردن محاسبات NWChem
  • آشنایی با قالب فایل ورودی و خروجی NWChem و آموزش ساخت فایل ورودی

    • آناتومی فایل ورودی گوسین
  • محاسبه انرژی بااستفاده از NWChem

    • آشنایی با روش SCF و همگرا شدن محاسبه
    • محاسبه انرژی سیستم‌های باردار و لایه باز
    • محاسبه انرژی حالات برانگیخته با استفاده از روش‌های  TDHF، TDDFT، CIS
    • محاسبه خطای بر‌همنهی تابع پایه BSSE
  • بهینه سازی ساختار و آنالیز سطح انرژی پتانسیل

    • جستجوی ساختار مینیمم
    • جستجوی ساختار حالت‌گذار
    • اعمال محدودیت روی محاسبه بهینه‌سازی
    • جستجوی مسیر واکنش با استفاده از روش NEB
  • محاسبه خواص ساختارهای مولکولی

    • محاسبه فرکانس‌های ارتعاشی و رامان
    • محاسبه طیف NMR و EPR
    • محاسبه پتانسیل الکترواستاتیکی ESP و دانسیته و اسپین الکترون در هسته
    • محاسبه خواص ترموشیمایی
  • مدل‌های حلال و روش‌های ترکیبی

    • شبیه‌سازی implicit حلال با استفاده از مدل حلال COSMO و SMD
    • شبیه‌سازی explicit حلال با استفاده از روش ترکیبی QM/MM
    • شبیه‌سازی ساختار‌های بزرگ با استفاده از روش ترکیبی ONIOM
  • محاسبه خواص سطوح، مایعات و کریستال‌ها با استفاده از توابع موج مسطح

    • آشنایی با توابع موج مسطح Plane-waves و شبه‌پتانسیل‌ها Pseudopotentials
    • آشنایی با مفاهیم بنیادی سیستم‌های حالت جامد و توابع موج مسطح
    • تنظیم پارامتر‌های سل
    • آموزش انواع محاسبات گاما‌پوینت برای سیستم‌های  حالت جامد شامل محاسبه انرژی، بهینه‌سازی ساختار و سل، محاسبه فرکانس و غیره
    • محاسبه دانسیته حالات DOS و Band Strucure

زمان‌بندی کارگاه:

تاریخ برگزاری:  ۲۱ تا ۲۷ مرداد ۱۳۹۶

تعداد جلسات: ۷ جلسه

مهلت ثبت نام:  ۷ مرداد ١٣٩٦

ساعت رفع اشکال: ۶:۴۵ تا ۷:۴۵ بعد‌از‌ظهر

نحوه برگزای کلاس:

مطالب ارائه شده در کلاس‌‌‌های مجازی همان مطالبی است که در کلاس‌‌های حضوری ارائه می‌شود با این تفاوت که دانشجو به جای حضور در کلاس وارد سایت نیکوپردازش شده و مطالب آموزشی را با استفاده از یک دستگاه متصل به اینترنت ( کامپیوتر، تبلت و یا حتی تلفن هوشمند) دریافت می‌کند. محتوی آموزشی هر جلسه شامل فیلم، اسلاید، فایل صوتی، متن و ... است که در یک بازه زمانی خاص (حداقل ۴۸ ساعت) در دسترس دانشجویان قرار می‌گیرد. در هر جلسه همراه با محتوی آموزشی فعالیت‌‌‌هایی مانند کوئیز و تمرینات عملی برای دانشجویان در نظر گرفته شده است، همچنین دانشجویان امکان طرح سوال از استاد و یا بحث و تبادل نظر با سایر دانشجویان را دارند. در پایان هر روز ساعتی خاص (ساعت رفع اشکال) برای رفع اشکال در نظر گرفته می‌شود که استاد تمرینات انجام شده توسط دانشجویان را چک و به مشکلات و سولات آنها رسیدگی می‌کند.

هزینه شرکت در کارگاه:

۱۸۵ هزار تومان برای دانشجویان - ۲۳۰ هزار تومان سایر اشخاص

مراحل ثبت نام:

یک: عضو سایت شوید (کمتر از یک دقیقه).

دو: هزینه کارگاه را به شماره حساب سیبا ۰۳۰۷۷۵۰۵۳۸۰۰۱ و یا شماره کارت: ۵۲۰۶-۸۲۹۹-۹۹۱۸-۶۰۳۷ به نام حسین حجی آبادی واریز کنید.

سه: عکس رسید بانکی را با استفاده از تلگرام به شماره ۰۹۱۲۴۶۸۳۳۸۹ و یا به آدرس این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید ارسال کنید.

ملاحظات:

  • ظرفیت دوره محدود است و اولویت با کسانی است که زودتر ثبت‌نام کنند.

  • برای استفاده از تخفیف دانشجویی، تصویر کارت دانشجویی خود را به همراه رسید بانکی ارسال نمایند.

  • آشنایی مقدماتی با سیستم‌عامل لینوکس و به خصوص محیط متنی آن برای شرکت در این دوره ضروری است. در صورتی که با این سیستم‌عامل آشنایی ندارید، توصیه می‌شود در دوره لینوکس و یونیکس نیز ثبت نام کنید.

  • نصب NWChem در سیستم‌عامل لینوکس در این دوره آموزش داده خواهد شد و شرکت کنندگاه قبل از شروع دوره باید لینوکس centos 7 را روی رایانه خود نصب کنند.

  • برای اطلاعات بیشتر درباره کارگاه‌های مجازی این صفحه را ملاحضه فرمائید.

کارگاه مجازی آموزش نرم افزار گرومکس

سرفصل مطالب:

  • آشنایی با مفاهیم بنیادی دینامیک مولکولی و انواع فایل‌های ورودی و خروجی گرومکس 

    • مقدماتی درباره دینامیک مولکولی کلاسیک
    • آشنایی با مفاهیم بنیادی دینامیک مولکولی مانند PBC, cut-off, time step, neighbour list و غیره
    • آشنایی با انواع فایل‌های ورودی و خروجی گرومکس
    • آشنایی با شمای کلی شبیه‌سازی دینامیک ملکولی با استفاده از گرومکس
    • دستورات ضروری لینوکس
    • نصب گرومکس و vmd روی لینوکس
  • انجام شبیه‌سازی روی یک پروتئین کوچک

    • پیدا کردن ساختار‌ پروتئین‌ها و مولکول‌های زیستی
    • آماده‌سازی ساختار پروتئین برای انجام شبیه‌سازی
    • آشنایی با نرم‌افزار vmd
    • مینیمم کردن انرژی سیستم
    • شبیه‌سازی در آنسمبل NVT
    • شبیه‌سازی در آنسمبل NPT
  • شبیه‌سازی دینامیک مولکولی در محیط محلول

    • آشنایی با انواع مدل‌های آب در گرومکس
    • اظافه کردن مولکول‌های آب به باکس شبیه‌سازی
    • تنظیم نوع و ابعاد باکس شبیه‌سازی
    • انجام شبیه‌سازی در محیط آبی
    • تفسیر فایل‌‌های خروجی شبیه‌سازی
  • محاسبه انرژی آزاد و آنالیز نتایج شبیه‌سازی

    • محاسبه انرژی آزاد حلالیت ساختار‌‌‌ها زیستی
    • محاسبه‌ انرژی آزاد اتصال پروتئین با لیگاند
    • مشاهده و رسم نمودار برای مسیر شبیه‌سازی
    • آشنایی با ابزار‌‌های آماری گرومکس برای آنالیز شبیه‌سازی
  • شبیه‌سازی غشاء‌های زیستی

    • ایجاد ساختار‌های پپتیدی با استفاده از نرم‌افزار امبر‌تولز
    • افزودن پارامترهای مورد نیاز به فورس‌فیلد‌‌های گرومکس برای انجام شبیه‌سازی روی ساختار‌های لیپیدی
    • ساختن سلول واحد و تنظیم آرایش پروتئین-غشاء
    • افزودن حلال و یون به سیستم
    • حداقل‌سازی انرژی و شبیه‌سازی برهمکنش پروتئین غشاء
    • آنالیز شبیه‌سازی پروتئین-غشاء
  • شبیه‌سازی نانولوله‌های کربنی

    • ساخت مختصات نانولوله‌های کربنی
    • اضافه کردن انواع گازها و یا حلال‌های غیر استاندارد به سیستم
    • آشنایی با فایل‌های فورس‌فیلد گرومکس
    • اضافه کردن پارامتر‌های مورد نیاز برای شبیه‌سازی نانولوله‌‌های کربنی
    • شبیه‌سازی برهمکنش نانولوله کربنی با گاز هیدروژن
    • محاسبه ظرفیت گرمایی سیستم
  • شبیه‌سازی با استفاده از روش ترکیبی QM/MM

    • آشنایی با محدودیت‌های دینامیک مولکولی کلاسیک و دلایل استفاده از روش QM/MM
    • ساخت یک سیستم DNA در حلال استاندارد
    • متعادل‌سازی سیستم DNA حلال
    • تنظیم سیستم برای انجام شبیه‌سازی QM/MM
    • بررسی تاثیر کم‌کردن یک الکترون از سیستم با استفاده از شبیه‌سازی QM/MM

زمان‌بندی کارگاه:

تاریخ برگزاری:  ۱۳ تا ۱۹ مرداد ۱۳۹۶

تعداد جلسات: ۷ جلسه

مهلت ثبت نام:  ۷ مرداد ١٣٩٦

ساعت رفع اشکال: ۸:۰۰ تا ۹:۰۰ شب

نحوه برگزای کلاس:

مطالب ارائه شده در کلاس‌‌‌های مجازی همان مطالبی است که در کلاس‌‌های حضوری ارائه می‌شود با این تفاوت که دانشجو به جای حضور در کلاس وارد سایت نیکوپردازش شده و مطالب آموزشی را با استفاده از یک دستگاه متصل به اینترنت ( کامپیوتر، تبلت و یا حتی تلفن هوشمند) دریافت می‌کند. محتوی آموزشی هر جلسه شامل فیلم، اسلاید، فایل صوتی، متن و ... است که در یک بازه زمانی خاص (حداقل ۴۸ ساعت) در دسترس دانشجویان قرار می‌گیرد. در هر جلسه همراه با محتوی آموزشی فعالیت‌‌‌هایی مانند کوئیز و تمرینات عملی برای دانشجویان در نظر گرفته شده است، همچنین دانشجویان امکان طرح سوال از استاد و یا بحث و تبادل نظر با سایر دانشجویان را دارند. در پایان هر روز ساعتی خاص (ساعت رفع اشکال) برای رفع اشکال در نظر گرفته می‌شود که استاد تمرینات انجام شده توسط دانشجویان را چک و به مشکلات و سولات آنها رسیدگی می‌کند.

هزینه شرکت در کارگاه:

۱۸۵ هزار تومان برای دانشجویان - ۲۳۰ هزار تومان سایر اشخاص

مراحل ثبت نام:

یک: عضو سایت شوید (کمتر از یک دقیقه).

دو: هزینه کارگاه را به شماره حساب سیبا ۰۳۰۷۷۵۰۵۳۸۰۰۱ و یا شماره کارت: ۵۲۰۶-۸۲۹۹-۹۹۱۸-۶۰۳۷ به نام حسین حجی آبادی واریز کنید.

سه: عکس رسید بانکی را با استفاده از تلگرام به شماره ۰۹۱۲۴۶۸۳۳۸۹ و یا به آدرس این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید ارسال کنید.

ملاحظات:

  • ظرفیت دوره محدود است و اولویت با کسانی است که زودتر ثبت‌نام کنند.

  • برای استفاده از تخفیف دانشجویی، تصویر کارت دانشجویی خود را به همراه رسید بانکی ارسال نمایند.

  • آشنایی با سیستم‌عامل لینوکس و به خصوص محیط متنی آن برای شرکت در این دوره ضروری است. در صورتی که با این سیستم‌عامل آشنایی ندارید، توصیه می‌شود در دوره لینوکس و یونیکس نیز ثبت نام کنید.

  • نصب گرومکس در سیستم‌عامل لینوکس در این دوره آموزش داده خواهد شد و شرکت کنندگاه قبل از شروع دوره باید لینوکس centos 7 را روی رایانه خود نصب کنند.

  • برای اطلاعات بیشتر درباره کارگاه‌های مجازی این صفحه را ملاحضه فرمائید.