کارگاه مجازی آموزش نرم افزار گرومکس

سرفصل مطالب:

  • آشنایی با مفاهیم بنیادی دینامیک مولکولی و انواع فایل‌های ورودی و خروجی گرومکس 

    • مقدماتی درباره دینامیک مولکولی کلاسیک
    • آشنایی با مفاهیم بنیادی دینامیک مولکولی مانند PBC, cut-off, time step, neighbour list و غیره
    • آشنایی با انواع فایل‌های ورودی و خروجی گرومکس
    • آشنایی با شمای کلی شبیه‌سازی دینامیک ملکولی با استفاده از گرومکس
    • دستورات ضروری لینوکس
    • نصب گرومکس و vmd روی لینوکس
  • انجام شبیه‌سازی روی یک پروتئین کوچک

    • پیدا کردن ساختار‌ پروتئین‌ها و مولکول‌های زیستی
    • آماده‌سازی ساختار پروتئین برای انجام شبیه‌سازی
    • آشنایی با نرم‌افزار vmd
    • مینیمم کردن انرژی سیستم
    • شبیه‌سازی در آنسمبل NVT
    • شبیه‌سازی در آنسمبل NPT
  • شبیه‌سازی دینامیک مولکولی در محیط محلول

    • آشنایی با انواع مدل‌های آب در گرومکس
    • اظافه کردن مولکول‌های آب به باکس شبیه‌سازی
    • تنظیم نوع و ابعاد باکس شبیه‌سازی
    • انجام شبیه‌سازی در محیط آبی
    • تفسیر فایل‌‌های خروجی شبیه‌سازی
  • محاسبه انرژی آزاد و آنالیز نتایج شبیه‌سازی

    • محاسبه انرژی آزاد حلالیت ساختار‌‌‌ها زیستی
    • محاسبه‌ انرژی آزاد اتصال پروتئین با لیگاند
    • مشاهده و رسم نمودار برای مسیر شبیه‌سازی
    • آشنایی با ابزار‌‌های آماری گرومکس برای آنالیز شبیه‌سازی
  • شبیه‌سازی غشاء‌های زیستی

    • ایجاد ساختار‌های پپتیدی با استفاده از نرم‌افزار امبر‌تولز
    • افزودن پارامترهای مورد نیاز به فورس‌فیلد‌‌های گرومکس برای انجام شبیه‌سازی روی ساختار‌های لیپیدی
    • ساختن سلول واحد و تنظیم آرایش پروتئین-غشاء
    • افزودن حلال و یون به سیستم
    • حداقل‌سازی انرژی و شبیه‌سازی برهمکنش پروتئین غشاء
    • آنالیز شبیه‌سازی پروتئین-غشاء
  • شبیه‌سازی نانولوله‌های کربنی

    • ساخت مختصات نانولوله‌های کربنی
    • اضافه کردن انواع گازها و یا حلال‌های غیر استاندارد به سیستم
    • آشنایی با فایل‌های فورس‌فیلد گرومکس
    • اضافه کردن پارامتر‌های مورد نیاز برای شبیه‌سازی نانولوله‌‌های کربنی
    • شبیه‌سازی برهمکنش نانولوله کربنی با گاز هیدروژن
    • محاسبه ظرفیت گرمایی سیستم
  • شبیه‌سازی با استفاده از روش ترکیبی QM/MM

    • آشنایی با محدودیت‌های دینامیک مولکولی کلاسیک و دلایل استفاده از روش QM/MM
    • ساخت یک سیستم DNA در حلال استاندارد
    • متعادل‌سازی سیستم DNA حلال
    • تنظیم سیستم برای انجام شبیه‌سازی QM/MM
    • بررسی تاثیر کم‌کردن یک الکترون از سیستم با استفاده از شبیه‌سازی QM/MM

زمان‌بندی کارگاه:

تاریخ برگزاری:  ۱۳ تا ۱۹ مرداد ۱۳۹۶

تعداد جلسات: ۷ جلسه

مهلت ثبت نام:  ۷ مرداد ١٣٩٦

ساعت رفع اشکال: ۸:۰۰ تا ۹:۰۰ شب

نحوه برگزای کلاس:

مطالب ارائه شده در کلاس‌‌‌های مجازی همان مطالبی است که در کلاس‌‌های حضوری ارائه می‌شود با این تفاوت که دانشجو به جای حضور در کلاس وارد سایت نیکوپردازش شده و مطالب آموزشی را با استفاده از یک دستگاه متصل به اینترنت ( کامپیوتر، تبلت و یا حتی تلفن هوشمند) دریافت می‌کند. محتوی آموزشی هر جلسه شامل فیلم، اسلاید، فایل صوتی، متن و ... است که در یک بازه زمانی خاص (حداقل ۴۸ ساعت) در دسترس دانشجویان قرار می‌گیرد. در هر جلسه همراه با محتوی آموزشی فعالیت‌‌‌هایی مانند کوئیز و تمرینات عملی برای دانشجویان در نظر گرفته شده است، همچنین دانشجویان امکان طرح سوال از استاد و یا بحث و تبادل نظر با سایر دانشجویان را دارند. در پایان هر روز ساعتی خاص (ساعت رفع اشکال) برای رفع اشکال در نظر گرفته می‌شود که استاد تمرینات انجام شده توسط دانشجویان را چک و به مشکلات و سولات آنها رسیدگی می‌کند.

هزینه شرکت در کارگاه:

۱۸۵ هزار تومان برای دانشجویان - ۲۳۰ هزار تومان سایر اشخاص

مراحل ثبت نام:

یک: عضو سایت شوید (کمتر از یک دقیقه).

دو: هزینه کارگاه را به شماره حساب سیبا ۰۳۰۷۷۵۰۵۳۸۰۰۱ و یا شماره کارت: ۵۲۰۶-۸۲۹۹-۹۹۱۸-۶۰۳۷ به نام حسین حجی آبادی واریز کنید.

سه: عکس رسید بانکی را با استفاده از تلگرام به شماره ۰۹۱۲۴۶۸۳۳۸۹ و یا به آدرس این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید ارسال کنید.

ملاحظات:

  • ظرفیت دوره محدود است و اولویت با کسانی است که زودتر ثبت‌نام کنند.

  • برای استفاده از تخفیف دانشجویی، تصویر کارت دانشجویی خود را به همراه رسید بانکی ارسال نمایند.

  • آشنایی با سیستم‌عامل لینوکس و به خصوص محیط متنی آن برای شرکت در این دوره ضروری است. در صورتی که با این سیستم‌عامل آشنایی ندارید، توصیه می‌شود در دوره لینوکس و یونیکس نیز ثبت نام کنید.

  • نصب گرومکس در سیستم‌عامل لینوکس در این دوره آموزش داده خواهد شد و شرکت کنندگاه قبل از شروع دوره باید لینوکس centos 7 را روی رایانه خود نصب کنند.

  • برای اطلاعات بیشتر درباره کارگاه‌های مجازی این صفحه را ملاحضه فرمائید.