معرفی نرم افزار XCrySDen

XCrySDen نرم افزاری برای ترسیم ساختارهای مولکولی و کریستالی است. با استفاده از این نرم افزار به سادگی می توان سطوح و کانتورهای مختلف را بر روی ساختارهای کریستالی سوار کرد و به صورت تعاملی تغییراتی در این سطوح داد. XCrySDen همچنین ابزارهایی برای آنالیز فضای reciprocal مانند انتخاب مسیرهای k در ناحیه برلیون برای رسم band-structure و ترسیم سطوح فرمی دارد.

xcrysden modes

قالب های فایل قابل پشتیبانی:

XCrySDen با قالب فایل های استاندارد ساختارهای مولکولی و کریستالی مانند XYZ و PDB سازگار است و همچنین دارای قالب اختصاصی خود (XSF) است. علاوه بر این، این نرم افزار می تواند ساختارهای مربوط به نرم افزارهای کوانتومی زیر را بخواند:

GAUSSIAN

QuantumEspresso

CRYSTAL

PWscf

WIEN2k

FHI98MD

ابزارهای ترسیم ساختارهای مولکولی:

XCrySDen تقریباُ دارای تمام امکاناتی است که از یک ترسیم کننده مدرن مولکولی انتظار می رود. برخی از این امکانات به شرح زیر است:

- نمایش ساختارهای مولکولی در مدهای مختلف شامل: سیمی، گوی و میله ای و فظاپرکن.

- نمایش نیروهای عمل کننده روی اتمها

- چرخش، جابجایی و بزرگ نمایی  ساختارهای مولکولی

- ساخت انیمیشن

- اندازه گیری خواص زوایا و زوایایی پیچش بین اتمها

- نمایش سطوح و کانتورهای میدان های اسکالر

- نمایش میدان بردار به صورت پیکان

ابزارهای ترسیم ساختارهای کریستالی:

علاوه بر ابزارهای ذکر شده در بالا، XCrySDen دارای قابلیت هایی بیشتر برای ترسیم ساختارهای کریستالی است:

- امکان جابجایی بین سل های primitive و conventional

- تغییر تعداد سل ها واحد نمایش داده شده و نمایش قسمت های کوچکتر و بزرگتر از یک کریستال

- نمایش شبکه بلور (crystal lattice)

- نمایش سل Wigner-Seitz و ناحیه بریلیون (‌Brillouin Zone)

- انتخاب مسیر k برای محاسبات  ساختار نوار (Band Structure)

- ترسیم سطوح فرمی