معرفی نرم افزار XCrySDen

XCrySDen نرم افزاری برای ترسیم ساختارهای مولکولی و کریستالی است. با استفاده از این نرم افزار به سادگی می توان سطوح و کانتورهای مختلف را بر روی ساختارهای کریستالی سوار کرد و به صورت تعاملی تغییراتی در این سطوح داد. XCrySDen همچنین ابزارهایی برای آنالیز فضای reciprocal مانند انتخاب مسیرهای k در ناحیه برلیون برای رسم band-structure و ترسیم سطوح فرمی دارد.

معرفی نرم افزار VMD

Visual Molecular Dynamincs نرم افزاری برای نمایش، انیمیشن سازی و آنالیز ساختارهای بزرگ بیوشیمایی با استفاده از ابزارهای گرافیک 3 بعدی و زبانهای اسکریپت نویسی است. VMD بازه گسترده ای از نمایش های مولکولی، سبک های رنگ آمیزی و ... را فراهم می کند.

ویژگیهای کلیدی:

نمایش تعاملی ( همزمان با انجام پروسه) ساختار مولکولی، خط سیر دینامیک مولکولی، توالی ها و نقشه های چگالی

- سهولت ساخت ساختار، آماده سازی شبیه سازی و آنالیز داده ها

 - اجرای شبیه سازی دینامیک مولکولی به صورت تعاملی

- ابزارهایی برای ساخت انیمیشن 

- قابلیت نمایش نتایج خروجی برنامه های CPMD، GAMESS، GAUSSIAN، ESPRESSO و سازگاری کامل با نرم افزار دینامیک مولکولی NAMD

معرفی نرم افزار Molekel

Molekel نرم افزاری برای ترسیم ساختار و سطوح مختلف مولکولی است.

ویژگیهای کلیدی:

- نمایش سطوح مختلف مولکولی شامل: اوربیتال ها، سطوح همسطح از ماتریس چگالی، سطوح همسطح از داده های فایل gaussian cube، سطوح SAS , SES و سطوح واندروالس

- استفاده از روش های مختلف برای تسریع در ارائه نمایش ساختار و سطوح مولکولی

- ساخت انیمیشن از سطوح مولکولی و مدهای ارتعاشی

- ساخت تصاویر با کیفیت بالا 300+ DPI  برای چاپ

- ساخت فایل postscript و pdf

معرفی نرم افزار MacMolplt

MacMolplt 7.5 نرم افزاری برای ترسیم ساختارهای مولکولی و مدهای ارتعاشی به صورت سه بعدی و ساخت فایل ورودی برای نرم افزار GAMESS است.

ویژگیهای کلیدی: 

- توانایی خواندن فایل های ورودی و خروجی GAMESS و همچنین فایل های حاوی اطلاعات مختصات واکنش این نرم افزار، IRC و ِDRC

- توانایی خواندن ساختارهای مولکولی با فرمت های xyz, xmol, Molden, و MDL

 - رسم نمودار انرژی و طیف های ارتعاشی IR و RAMAN

 - ساخت انیمیشن از مدهای ارتعاشی نرمال و مختصات واکنش، و قابلیت ترکیب چندین فایل ساختار مولکولی برای ساخت انیمیشن

- پشتیبانی از گروه های نقطه ای مولکولی

 - ساخت و اصلاح ساختارهای مولکولی با استفاده از ابزارهای گرافیکی، مختصات درونی یا مختصات کارتزین

  -  نمایش 3 بعدی اوربیتال ها  و همچنین نمایش 2 بعدی اوربیتالها با استفاده از کانترمپ های چگالی الکترون

 - ترسیم نقشه اختلاف چگالی و ترسیم نقشه پتانسیل الکترواستاتیک

 - ساخت فایل ورودی برای نرم افزار محاسباتی GAMESS

معرفی نرم افزار Gaussview

GaussView نرم افزاری قدرتمند برای ساخت و ترسیم ساختارهای مولکولی و همچنین رابطی گرافیکی برای برنامه محاسباتی Gaussian است.

ویژگیهای کلیدی:

- پشتیبانی از فرمت های مختلف مانند: pdb، mol، mol2، cif، cub، chk، fch

- ساخت فایل ورودی برای نرم افزار gaussian و امکان شروع محاسبه از داخل برنامه

- ساخت مختصات مولکول با استفاده از ابزارهای گرافیکی و ویرایش مختصات درونی ساختار

- نمایش مدهای ارتعاشی و اوربیتالهای مولکولی

- نمایش مسیر واکنش و رسم نمودار انرژی آن

- امکان نمایش همزمان چندین ساختار مولکولی 

- اعمال سطوح مختلف روی ساختار برای انجام محاسبات ONIOM

- ایجاد ساختارهای بلوری به صورت خودکار

معرفی نرم افزار Gabedit

Gabedit یک رابط گرافیکی برای برنامه های بسیاری از برنامه های شیمی محاسباتی مانند: GAMESS, Gaussian, Q-Chem, NWChem و ... است.

این نرم افزار از بازه بزرگی از فرمت فایل های ساختار مولکولی پشتیبانی می کند و توانایی نمایش نتایج محاسبات بسیاری از نرم افزارها را دارد. همچنین امکان رسم ساختار و ذخیره آن به فرمت های متفاوت وجود دارد.

ویژگیهای کلیدی:

- توانایی ساخت فایل ورودی برای بسیاری از نرم افزارهای محاسباتی شیمی

- توانایی نمایش نتایج محاسبات گوناگون نرم افزارهای محاسباتی شامل: ساختار مولکولی، اوربیتالهای مولکولی، سطح چگالی الکترون، پتانسیل های الکترو استاتیک و ...

- سبک ها مختلف نمایش برای سطوح مختلف مولکولی

- قابلیت ساخت انیمیشن از مدهای ارتعاشی، و انواع حرکت های مولکولی

- نمایش طیف های RAMAN, IR, UV/Vis

- ذخیره عکس با فرمت های گوناگون

- بهینه سازی ساختار با استفاده از روش MM و پارامترهای Amber 99