معرفی نرم افزار NAMD

NAnoscale Molecular Dynamics نرم افزاری برای پردازش موازی محاسبات دینامیک مولکولی است. NAMD برای شبیه سازی دینامیک مولکولی با کارایی بالا و مولکولهای زیستی بزرگ  طراحی شده است. NAMD با نرم افزار گرافیکی VMD سازگاری کامل دارد و از VMDمیتوان برای تنظیم شبیه سازی و آنالیز خط سیر استفاده کرد.

ویژگیهای کلیدی:

- سازگاری با فایل های AMBER، CHARMM و X-PLOR

- قابلیت تعریف آب یونها به صورت صریح و تعریف حلال ها با استفاده از مدلهای ضمنی

- محاسبه انرژی آزاد شیمیایی (alchemical free energy)

- پشتیبانی از زبانهای اسکریپت نویسی برای سفارشی سازی شبیه سازی