معرفی نرم افزار NAMD

NAnoscale Molecular Dynamics نرم افزاری برای پردازش موازی محاسبات دینامیک مولکولی است. NAMD برای شبیه سازی دینامیک مولکولی با کارایی بالا و مولکولهای زیستی بزرگ  طراحی شده است. NAMD با نرم افزار گرافیکی VMD سازگاری کامل دارد و از VMDمیتوان برای تنظیم شبیه سازی و آنالیز خط سیر استفاده کرد.

ویژگیهای کلیدی:

- سازگاری با فایل های AMBER، CHARMM و X-PLOR

- قابلیت تعریف آب یونها به صورت صریح و تعریف حلال ها با استفاده از مدلهای ضمنی

- محاسبه انرژی آزاد شیمیایی (alchemical free energy)

- پشتیبانی از زبانهای اسکریپت نویسی برای سفارشی سازی شبیه سازی

معرفی نرم افزار GROMACS

GROMACS بسته نرم افزاری متنوعی برای انجام محاسبات دینامیک مولکولی است. این نرم افزار با استفاده از قوانین نیوتنی حرکت، رفتار سیستم های داری 100 تا میلیونها ذره را پیش بینی میکند.

GROMACS در درجه اول برای مولکولهای زیستی مانند پروتئین ها، لیپیدها و اسیدهای نوکلئیک که داری تعداد زیادی برهمکنش پیوندی پیچیده هستند طراحی شده. با این حال با توجه به اینکه GROMACS در محاسبه برهمکنش های غیر پیوندی بسیار سریع عمل میکند کاربردهای زیادی در مورد سیستمهای غیر زیستی مانند پلیمرها پیدا کرده است.

ویژگیهای کلیدی:

- GROMACS حاوی تمامی الگوریتم های متداولی است که از یک نرم افزار مدرن دینامیک مولکولی انتظار می رود.

- GROMACS در مقایسه با نرم افزارهای مشابه کارایی بالاتری دارد.

- کاربرپسند بودن نرم افزار به دلیل سهولت ساخت فایلهای توپولوژی و پارامتر، چک کردن خودکار سازگاری فایل ها، پیام های خطای واضح و قابل فهم همچنین در هنگام انجام کار نرم افزار شما با پیامهای مختلف شما را از روند انجام کار و زمان باقی مانده تا پایان پروسه آگاه میسازد.

- ذخیره داده های خط سیر به صورت مختصر و کم حجم

- حاوی تعداد زیادی ابزار برای آنالیز خط سیر

- GROMACS حاوی چندین الگوریتم پیش رفته است با طولانی تر کردن زمان گامها بدون کم شدن دقت نتایج کارایی و سرعت نتایج را افزایش می دهد.

- بسته نرم افزار GROMACS دارای نرم افزاری برای ساخت توپولوژی پروتئین ها به صورت اتوماتیک است